研究効率化

巨大なtar.gzファイルをPythonのtarfileライブラリで解凍し、NGSデータなどを扱う際の実用的な手順を紹介します。

ライゲーションで使うベクターとインサートのモル比を、DNAの長さ・濃度・投入量から計算できるWebツールを実例付きで紹介します。

PythonでPCRプライマーの相補鎖配列を作成し、GC含量を計算する基本処理をスライスや文字列操作の例から解説します。

PCRプライマーのTm値を求めるWallace法と最近接塩基対法の考え方を、計算式、パラメーター、具体例で詳しく解説します。

Wallace法と最近接塩基対法によるPCRプライマーのTm値計算を、Pythonの辞書、リスト内包表記、関数を使って実装します。

PCRプライマーのTm値をブラウザで即計算。Wallace法と最近接塩基対法の両方に対応し、塩基長・GC%・相補鎖配列も同時に表示します。アニーリング温度の検討にそのまま使えます。登録不要・無料。

PCRプライマーのTm値計算機をPythonで作るシリーズの導入として、実装する機能、計算方法、学ぶ内容の全体像を紹介します。

PubMed APIのEFetchでXMLを取得し、Pythonとlxmlで論文アブストラクトを抽出して整理する方法を解説します。

Pythonで論文情報を自動取得する準備として、PubMed APIのESearch・ESummary・EFetchの役割を解説します。

PythonでPubMed APIを扱うために必要なrequests、pandas、openpyxlなどの準備と読み込みを解説します。

PubMed APIのESearchをPythonから呼び出し、検索語に一致する論文のPMID一覧を取得する方法を解説します。

PubMed APIのESummaryを使い、PMIDから論文タイトル・著者・雑誌名・発行年をPythonで取得する方法を解説します。

PubMedから取得した論文情報をpandasで整形し、Openpyxlを使って見やすいExcelファイルとして保存する手順を解説します。