Tm値計算ツール（プライマー）｜Wallace法・最近接塩基対法に無料対応

Research Tool

プライマーTm値計算機

Sequence Complement

Length 0 base

GC% 0.0 %

Wallace法 0.0 ℃

最近接塩基対法 - ℃

PCRのアニーリング温度を検討するために、プライマーのTm値を計算できるツールです。上の入力欄に配列を貼り付けると、塩基長・GC%・Wallace法・最近接塩基対法のTm値がすぐに表示されます。

使い方

配列（例：ATGCGTACGTAGCTAG）を入力するだけで、次の値が自動計算されます。

A / T / G / C 以外の文字は無視されます。

同じ配列でも計算法によってTm値は変わります。用途に応じて使い分けます。

T_m = 2 \times (A + T) + 4 \times (G + C)

塩基数だけで求める簡便な式です。短い（〜14塩基程度）オリゴの目安には便利ですが、配列の並びや塩濃度を考慮しないため、長いプライマーでは誤差が大きくなります。

T_m = \frac{1000 \times \Delta H}{-10.8 + \Delta S + 1.987 \times \ln(C/4)} - 273.15 + 16.6\log[\mathrm{Na^+}]

隣り合う塩基対のスタッキング（ΔH・ΔS）や塩濃度・鎖濃度を考慮する、より正確な方法です。PCRプライマーの設計では基本的にこちらを参照するのがおすすめです。

アニーリング温度（Ta）は、プライマー対の低い方のTmから 5℃ ほど下げた値を目安にします。

Ta ≈ Tm − 5℃（プライマー対の低い方のTmを基準にします）

例えばプライマー対のTmが 60℃／62℃ なら、低い方の 60℃ から 55℃前後を出発点にし、増幅が弱ければ下げ、非特異バンドが出れば上げて最適化します。

Tm値と合わせて、次の条件を満たすと安定したPCRになりやすいです。

同じ塩基の4連続以上や、プライマー同士・自己相補（ヘアピン）はできるだけ避けます。

Q. Wallace法と最近接塩基対法、どちらを見ればいい？ PCRプライマーの設計なら最近接塩基対法が正確です。Wallace法はごく短いオリゴのざっくりした目安に向いています。

Q. アニーリング温度は何度にすればいい？ プライマー対の低い方のTmから約5℃下げた温度が出発点です。あとは増幅結果を見て±で最適化します。

計算の中身をPythonで実装したい方は、こちらの連載もどうぞ。