2026/05/24
Open Targets入門 #3：Python + GraphQL APIでデータを取得する
Open Targets PlatformのGraphQL APIをPythonで叩いて、アルツハイマー病の関連ターゲット一覧をDataFrameに変換する方法を解説。ページネーション実装からdatatypeスコアの読み方、大量取得時のParquet活用まで。
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#python
11 articles
2025/10/04
Pythonでtar.gzファイルを解凍
巨大なtar.gzファイルをPythonのtarfileライブラリで解凍し、NGSデータなどを扱う際の実用的な手順を紹介します。
2025/08/30
PCRプライマーのTm値の計算機を作ってみよう①~相補鎖配列とGC含量の計算~
PythonでPCRプライマーの相補鎖配列を作成し、GC含量を計算する基本処理をスライスや文字列操作の例から解説します。
2025/08/30
PCRプライマーのTm値の計算機を作ってみよう②~Tm値の計算法~
PCRプライマーのTm値を求めるWallace法と最近接塩基対法の考え方を、計算式、パラメーター、具体例で詳しく解説します。
2025/08/30
PCRプライマーのTm値の計算機を作ってみよう③~pythonで実装編~
Wallace法と最近接塩基対法によるPCRプライマーのTm値計算を、Pythonの辞書、リスト内包表記、関数を使って実装します。
2025/08/30
PCRプライマーのTm値の計算機を作ってみよう -0-
PCRプライマーのTm値計算機をPythonで作るシリーズの導入として、実装する機能、計算方法、学ぶ内容の全体像を紹介します。
2025/08/30
Pythonで論文情報をまとめてゲットする⑥～EFetchを使ってアブストラクトを抽出～
PubMed APIのEFetchでXMLを取得し、Pythonとlxmlで論文アブストラクトを抽出して整理する方法を解説します。
2025/08/27
Pythonで論文情報をまとめてゲットする② ~ 下準備 ~
PythonでPubMed APIを扱うために必要なrequests、pandas、openpyxlなどの準備と読み込みを解説します。
2025/08/27
Pythonで論文情報をまとめてゲットする③ ~ ESearchを使ってPMIDを取得 ~
PubMed APIのESearchをPythonから呼び出し、検索語に一致する論文のPMID一覧を取得する方法を解説します。
2025/08/27
Pythonで論文情報をまとめてゲットする④ ~ ESummaryを使って論文タイトルを取得 ~
PubMed APIのESummaryを使い、PMIDから論文タイトル・著者・雑誌名・発行年をPythonで取得する方法を解説します。
2025/08/27
Pythonで論文情報をまとめてゲットする⑤ ~ Openpyxlを使ってExcelファイルとして保存する ~
PubMedから取得した論文情報をpandasで整形し、Openpyxlを使って見やすいExcelファイルとして保存する手順を解説します。