2026/05/05 WordPressをClaude Code / Codexから操作できるようにした話 WordPress MCPを使い、Claude CodeやCodexから下書き作成・編集できるようにする設定手順を紹介します。 ai-agent #claude-code#codex#mcp#wordpress
2026/05/04 ベイジアンネットワーク(CBNplot)で読み解く特発性肺線維症(IPF)— 後編:ネットワークから因果のストーリーを引き出す CBNplotで描いたIPFネットワークを中心性や因果フローで読み解き、ハブ遺伝子と疾患関連性の検証手順まで紹介します。 ネットワーク解析cbnplotrna-seq研究ツール #cbnplot#rna-seq#エンリッチメント解析#ネットワーク解析
2026/05/02 ベイジアンネットワーク(CBNplot)で読み解く特発性肺線維症(IPF)— 前編:パスウェイネットワークを描く CBNplotとベイジアンネットワークを使い、IPFの発現変動遺伝子からパスウェイ間の依存関係を可視化する流れを解説します。 ネットワーク解析cbnplot研究ツール #bioinformatics#cbnplot#rna-seq#エンリッチメント解析
2025/11/22 分子量計算webツール 化学式を入力するだけで分子量をすぐに計算できるWebツールを公開し、試薬調製や実験準備での便利な活用方法を簡潔に紹介します。 研究ツール #molecular-weight#分子量計算#化学式
2025/11/22 WGCNA解析 part 2 WGCNAで抽出したModule 3をGSVA、エンリッチメント解析、kMEやkWithinによる遺伝子優先順位付けで深掘りします。 ネットワーク解析wgcna #deg#gsva#rna-seq#wgcna
2025/11/02 WGCNA解析 part 1 RNA-seq発現データを用いたWGCNA解析の流れを、softPower選択、モジュール検出、形質相関まで解説します。 ネットワーク解析wgcna #deg#gsva#rna-seq#wgcna
2025/10/04 Pythonでtar.gzファイルを解凍 巨大なtar.gzファイルをPythonのtarfileライブラリで解凍し、NGSデータなどを扱う際の実用的な手順を紹介します。 研究効率化 #python#tar-gz#解凍
2025/09/20 MacやLinuxを使わずにでRNA-seq解析を行う ②〜Google ColaboratoryでHISAT2やStringTieを実行〜 Google Colaboratory上でRNA-seqのFASTQ取得、HISAT2マッピング、StringTie解析を進める手順を解説します。 rna-seq #google-colaboratory#rna-seq
2025/09/20 MacやLinuxを使わずにでRNA-seq解析を行う ③〜Google ColaboratoryでBallgownを実行〜 Google ColaboratoryでRとBallgownを動かし、StringTie結果からRNA-seqの発現差解析を行う流れを解説します。 rna-seq #google-colaboratory#rna-seq
2025/09/18 MacやLinuxを使わずにRNA-seqの解析を行う①~Google ColaboratoryでRNA-seq解析~準備編 Google ColaboratoryでRNA-seq解析を行うために、Miniconda、HISAT2、samtools、StringTieを準備する手順を解説します。 rna-seq #google-colaboratory#rna-seq
2025/09/15 超初心者向け!!RNA-seq解析シリーズ③公共データベースからRNA-seqデータをダウンロード DDBJなどの公共データベースからRNA-seqデータを検索し、FTPとwgetでFASTQファイルを取得する手順を解説します。 rna-seq #rna-seq
2025/09/15 超初心者向け!!RNA-seq解析シリーズ④HISAT2でマッピングする HISAT2を使ったRNA-seqリードのマッピング手順を、リファレンスゲノムの取得、index確認、コマンド実行まで解説します。 rna-seq #rna-seq
2025/09/15 超初心者向け!!RNA-seq解析シリーズ⑤StringTieの使い方 HISAT2のマッピング結果をsamtoolsでbam化し、StringTieで発現量推定とBallgown用ファイル作成を解説します。 rna-seq #rna-seq
2025/09/15 超初心者向け!!RNA-seq解析シリーズ⑥ Ballgownで発現差解析 StringTieで作成した結果をRのBallgownで読み込み、RNA-seqの発現差解析と結果の整理方法を解説します。 rna-seq #rna-seq
2025/09/14 超初心者向け!!RNA-seq解析シリーズ① ターミナルでコマンドラインを使う RNA-seq解析を始めるために必要なターミナル操作を、ディレクトリ移動やコマンド入力の基本から初心者向けに解説します。
2025/09/14 超初心者向け!!RNA-seq解析シリーズ② 環境設定 RNA-seq解析に必要なHomebrewやHISAT2などの導入準備を、Macの環境設定とパッケージ管理の基本から解説します。 #rna-seq
2025/08/31 ベクター:インサートのモル比計算機 ライゲーションで使うベクターとインサートのモル比を、DNAの長さ・濃度・投入量から計算できるWebツールを実例付きで紹介します。 ライゲーション研究ツール研究効率化calculator #研究dx#研究ツール#計算機
2025/08/30 PCRプライマーのTm値の計算機を作ってみよう①~相補鎖配列とGC含量の計算~ PythonでPCRプライマーの相補鎖配列を作成し、GC含量を計算する基本処理をスライスや文字列操作の例から解説します。 python基礎プライマーtm値研究効率化 #python#tm#研究dx
2025/08/30 PCRプライマーのTm値の計算機を作ってみよう②~Tm値の計算法~ PCRプライマーのTm値を求めるWallace法と最近接塩基対法の考え方を、計算式、パラメーター、具体例で詳しく解説します。 python基礎プライマーtm値研究効率化 #python#tm#研究dx
2025/08/30 PCRプライマーのTm値の計算機を作ってみよう③~pythonで実装編~ Wallace法と最近接塩基対法によるPCRプライマーのTm値計算を、Pythonの辞書、リスト内包表記、関数を使って実装します。 python基礎プライマーtm値研究効率化 #python#tm#研究dx
2025/08/30 プライマーのTm値計算機 PCRのアニーリング温度検討に使えるプライマーTm値計算機を公開し、Wallace法と最近接塩基対法の両方で計算できます。 プライマーtm値研究ツール研究効率化 #tm#研究dx#研究ツール#計算機
2025/08/30 PCRプライマーのTm値の計算機を作ってみよう -0- PCRプライマーのTm値計算機をPythonで作るシリーズの導入として、実装する機能、計算方法、学ぶ内容の全体像を紹介します。 python基礎プライマーtm値研究効率化 #python#tm
2025/08/30 Pythonで論文情報をまとめてゲットする⑥~EFetchを使ってアブストラクトを抽出~ PubMed APIのEFetchでXMLを取得し、Pythonとlxmlで論文アブストラクトを抽出して整理する方法を解説します。 研究効率化 #pubmed-api#python#研究dx#論文情報取得自動化
2025/08/27 Pythonで論文情報をまとめてゲットする① ~ PubMed APIについて ~ Pythonで論文情報を自動取得する準備として、PubMed APIのESearch・ESummary・EFetchの役割を解説します。 #pubmed-api#研究dx#論文情報取得自動化
2025/08/27 Pythonで論文情報をまとめてゲットする② ~ 下準備 ~ PythonでPubMed APIを扱うために必要なrequests、pandas、openpyxlなどの準備と読み込みを解説します。 #pubmed-api#python#研究dx#論文情報取得自動化
2025/08/27 Pythonで論文情報をまとめてゲットする③ ~ ESearchを使ってPMIDを取得 ~ PubMed APIのESearchをPythonから呼び出し、検索語に一致する論文のPMID一覧を取得する方法を解説します。 #pubmed-api#python#研究dx#論文情報取得自動化
2025/08/27 Pythonで論文情報をまとめてゲットする④ ~ ESummaryを使って論文タイトルを取得 ~ PubMed APIのESummaryを使い、PMIDから論文タイトル・著者・雑誌名・発行年をPythonで取得する方法を解説します。 #pubmed-api#python#研究dx#論文情報取得自動化
2025/08/27 Pythonで論文情報をまとめてゲットする⑤ ~ Openpyxlを使ってExcelファイルとして保存する ~ PubMedから取得した論文情報をpandasで整形し、Openpyxlを使って見やすいExcelファイルとして保存する手順を解説します。 研究効率化 #pubmed-api#python#研究dx#論文情報取得自動化