ベクター：インサートのモル比計算機

Research Tool

ベクター：インサート モル比計算機

ベクター モル比 インサート モル比 ベクター濃度 (ng/ul) インサート濃度 (ng/ul) ベクター長 (bp) インサート長 (bp)

Final Vol (ul) 持込ベクター量 単位 ng fmol

Vector - ul

Insert - ul

Remaining - ul

ベクターとインサートのライゲーションで、それぞれを何µLずつ混ぜればよいかを計算するツールです。目的のモル比・各DNAの長さと濃度・最終volume・ベクター投入量を入力すると、必要なインサート量とピペット量が求まります。

使い方

上のツールに、次の値を入力します。

• モル比（ベクター : インサート、既定は 1 : 3）

• ベクター／インサートの濃度（ng/µL）

• ベクター／インサートの長さ（bp）

• 最終volume（µL）と ベクター投入量（ng）

モル比の考え方（なぜ 1:3 が基本か）

ライゲーションで重要なのは、質量比ではなく 分子の数の比（モル比） です。長いDNAほど同じ重さでも分子数が少ないため、長さで補正する必要があります。

• 一般的な出発点は ベクター : インサート ＝ 1 : 3

• うまくいかない時は 1:1〜1:5 の範囲で振る

• 平滑末端（blunt）は連結しにくいので、インサート比を高め（1:5 など）にすることが多い

計算式（ng ↔ pmol 換算）

二本鎖DNAは 1 bp あたり平均 約 650 g/mol なので、DNA量とモル量は次式で換算できます。

$$\text{pmol} = \frac{\text{DNA量 (ng)} \times 1000}{\text{塩基対数 (bp)} \times 650}$$

目的のモル比に必要なインサート量（質量）は、次式で求まります。

$$\text{インサート (ng)} = \text{ベクター (ng)} \times \frac{\text{インサート長 (bp)}}{\text{ベクター長 (bp)}} \times \text{モル比}$$

例：50 ng のベクター（3000 bp） に、800 bp のインサートを 1 : 3 で入れる場合、

$$50 \times \frac{800}{3000} \times 3 \approx 40\ \text{ng}$$

インサートが約 40 ng 必要と分かります。あとは濃度から必要µLが決まります（上のツールが自動で計算します）。

うまくいかない時（トラブルシュート）

• コロニーがほとんど出ない → インサート比を上げる（1:5〜1:7）、ライゲーション時間を延ばす、DNA量が少なすぎないか確認

• セルフライゲーション（インサートなしのコロニー）が多い → ベクターを脱リン酸化（rSAP / CIAP）する、インサート比を上げる

• 比が安定しない → ゲルや蛍光定量で濃度を正確に測る。濃度がずれると比もずれる

よくある質問

Q. モル比は質量比とどう違う？ モル比は分子の「数」の比です。長いDNAは同じ重さでも分子数が少ないので、長さで補正して質量（ng）に換算します。上のツールはこの換算を自動で行います。

Q. 1:3 で入らない時は？ インサート比を上げる（1:5〜1:7）、ベクターを脱リン酸化する、DNA量やライゲーション条件を見直す、の順で試すのが定番です。