超初心者向け！！RNA-seq解析シリーズ② 環境設定

2025/09/14
#rna-seq

この記事は、誰でもできる！！初心者向けRNA-seq解析シリーズの３つ目の記事になります。

今回はPCの環境構築をしていきたいと思います。

その前に

これからRNA-seqを行うにあたって、 マッピングやカウントを行うプログラムをmacに入れる必要があります。
例えば、マッピングを行うプログラムのHISAT2をインストールするには、
１．HISAT2をダウンロード ２．解凍 ３．pathを通す ４．依存関係にあるパッケージを同様にインストール
といった作業をする必要があります。

しかし、コマンドを入力することすらしたことのない**「超初心者」**の私にとっては、pathを通すと言われてもなんのことだか分かりませんでした。

しかし、分からなくても大丈夫です。
これらの作業をまとめていい感じにしてくれる 初心者の救世主がいます！！

Homebrewというパッケージマネージャーです。

Homebrewのインストール

では、早速Homebrewをインストールしていきましょう。

Homebrewの仕組みなど知りたい方は、以下のサイトが参考になりました。

[https://qiita.com/omega999/items/6f65217b81ad3fffe7e6:title\]

インストール手順

1. 下記のリンクからhomebrewのページに飛びます。

[https://brew.sh/index\_ja:title\]

2. 画像の赤枠の部分をコピーします。

[f:id:tottoham:20191119182427p]

3. ターミナルを起動し、$の後ろに先程コピーしたコマンドをペーストします。

#これをペースト
/usr/bin/ruby -e "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/master/install)"
==> This script will install:
/usr/local/bin/brew
/usr/local/share/doc/homebrew
/usr/local/share/man/man1/brew.1
/usr/local/share/zsh/site-functions/_brew
/usr/local/etc/bash_completion.d/brew
/usr/local/Homebrew
<div></div>
Press RETURN to continue or any other key to abort

と表示されますので、Enterキーを押してください。

#なんか色々とイントールされた後に下記のような表示がでる
==> Installation successful!
<div></div>
==> Homebrew has enabled anonymous aggregate formulae and cask analytics.
Read the analytics documentation (and how to opt-out) here:
  https://docs.brew.sh/Analytics
<div></div>
==> Homebrew is run entirely by unpaid volunteers. Please consider donating:
  https://github.com/Homebrew/brew#donations
==> Next steps:
- Run `brew help` to get started
- Further documentation: 
    https://docs.brew.sh

こうなればHomebrewのインストールは完了です。
試しに、$の後ろに

brew -h

と打ってみてください。
brew command not foundとならず、
色々と表示されていれば、homebrew無事インストール完了です。

RとRStudioのインストール

次に、後々の解析（特に可視化）に使用するために
RとRStudioをインストールしていきます。

方法は下記のQiita記事が参考になります。

[https://qiita.com/hujuu/items/ddd66ae8e6f3f989f2c0:embed:cite\]

上の記事の通り、Rをインストールした後にRStudioをインストールしましょう！！
ここは普段のOSのGUI上でソフトウェアをインストールするものと何ら変わりませんので、
詳しい方法は省略いたします。

RとRStudioのインストールが終わったら、環境構築は終了です。

次の記事では、公共データベースからRNA-seqデータをダウンロードし、
解析用のデータを集めていきたいと思います。