#deseq2

RNA-seqのカウント行列からDESeq2で発現変動遺伝子を検出するまでを、実際に動かせるRコードで解説します。nf-core/rnaseqの出力とfeatureCountsの両方からの読み込み、低発現フィルタ、lfcShrink、PCAによる外れサンプルの判断、バッチを含むデザイン式まで、airwayデータの実出力を見ながら追えます。