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RNA-seqのカウント行列からDESeq2で発現変動遺伝子を検出するまでを、実際に動かせるRコードで解説します。nf-core/rnaseqの出力とfeatureCountsの両方からの読み込み、低発現フィルタ、lfcShrink、PCAによる外れサンプルの判断、バッチを含むデザイン式まで、airwayデータの実出力を見ながら追えます。