#hisat2

nf-core/rnaseqの導入から実行までを通しで解説します。Nextflowのインストール、サンプルシートの書き方、STAR–Salmonでの定量、MultiQCの読み方、SLURMでの実行、つまずきやすいエラーの対処まで追えば、FASTQからカウント行列までを再現可能に自動実行できるようになります。

HISAT2を使ったRNA-seqリードのマッピング手順を、リファレンスゲノムの取得、index確認、コマンド実行まで解説します。