#nf-core

RNA-seqのカウント行列からDESeq2で発現変動遺伝子を検出するまでを、実際に動かせるRコードで解説します。nf-core/rnaseqの出力とfeatureCountsの両方からの読み込み、低発現フィルタ、lfcShrink、PCAによる外れサンプルの判断、バッチを含むデザイン式まで、airwayデータの実出力を見ながら追えます。

nf-core/rnaseqの導入から実行までを通しで解説します。Nextflowのインストール、サンプルシートの書き方、STAR–Salmonでの定量、MultiQCの読み方、SLURMでの実行、つまずきやすいエラーの対処まで追えば、FASTQからカウント行列までを再現可能に自動実行できるようになります。