#gsva

GEOデータ取得、edgeR/voom正規化、softPower・blockwiseModulesでのモジュール検出、kME/kWithin/GSでのハブ遺伝子ランキングまで、WGCNAをRで最初から実装する手順を全Rコード付きで解説。前半無料。

WGCNAで抽出したModule 3をGSVA、エンリッチメント解析、kMEやkWithinによる遺伝子優先順位付けで深掘りします。

RNA-seq発現データを用いたWGCNA解析の流れを、softPower選択、モジュール検出、形質相関まで解説します。