2026/06/15
Disease Module入門 #3：創薬応用とIBDで実際に計算する
疾患モジュールを創薬にどう活かすか（標的探索・ドラッグリポジショニング・併用療法・安全性）を整理し、炎症性腸疾患（IBD）を題材に、モジュールの有意性・薬剤近接性・リポジショニング・機能エンリッチメントを実データで計算して示します。
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#bioinformatics
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2026/06/13
Disease Module入門 #2：シード・ネットワーク・検出法と統計的検証
疾患モジュールを実際に作る手順を解説します。シード遺伝子の設計、ネットワークの選び方、DIAMOnD・拡散・Steiner treeなど5つの検出法の使い分け、そして次数を保ったランダム化による統計的検証まで、つまずきやすい点を押さえます。
2026/06/09
Disease Module入門 #1：疾患をネットワークの局所的な破綻として読む
複雑疾患を「点」ではなく分子ネットワークの「領域」として捉える疾患モジュールの考え方を、トポロジカル／機能／疾患モジュールの違い、数理的定義、疾患間関係まで、ネットワーク医学の基礎から解説します。
2026/05/31
Open Targets入門 #4：L2Gスコアで遺伝的根拠のある創薬ターゲットを発掘する
GWASシグナルから因果遺伝子を特定するL2Gスコアの仕組みを解説し、L2G × Tractability × 臨床フェーズの3条件で「まだ誰も着手していない有望ターゲット」を発掘するワークフローをアルツハイマー病と9疾患のデータで示します。
2026/05/24
Open Targets入門 #3：Python + GraphQL APIでデータを取得する
Open Targets PlatformのGraphQL APIをPythonで叩いて、アルツハイマー病の関連ターゲット一覧をDataFrameに変換する方法を解説。ページネーション実装からdatatypeスコアの読み方、大量取得時のParquet活用まで。
2026/05/22
Open Targets入門 #2：Platform UIで疾患から創薬ターゲットを探す
Open Targets PlatformのWeb UIを使い、アルツハイマー病を例に疾患から創薬ターゲット候補を探す実践手順を解説。スコアの読み方からTarget Prioritisationビュー、Evidenceページまで網羅します。
2026/05/21
Open Targets入門 #1：概要と仕組みを理解する
Open Targets Platformの概要と使いどころを解説。創薬ターゲット探索に必要なエビデンス統合の仕組み、データソース階層、L2Gスコアの読み方を網羅します。
2026/05/02
ベイジアンネットワーク（CBNplot）で読み解く特発性肺線維症（IPF）— 前編：パスウェイネットワークを描く
CBNplotとベイジアンネットワークを使い、IPFの発現変動遺伝子からパスウェイ間の依存関係を可視化する流れを解説します。